github nextstrain/nextclade_data 2026-09-07--17-10-15Z
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This release contains changes for datasets:

  • SARS-CoV-2 (nextstrain/sars-cov-2/wuhan-hu-1/orfs)
  • SARS-CoV-2 (Mature proteins) (nextstrain/sars-cov-2/wuhan-hu-1/proteins)
  • SARS-CoV-2 (BA.2.86) (nextstrain/sars-cov-2/BA.2.86)

SARS-CoV-2 (nextstrain/sars-cov-2/wuhan-hu-1/orfs)

  • Include the 2 newly designated Nextstrain clades 26A (XFG.1.1) and 26B (XFG.3.4.1). See nextstrain/ncov#1204 and nextstrain/ncov#1206 for details.
  • Add all 114 Pango lineages newly designated between 2026-06-09 and 2026-09-06. Unfold below to see a list of all newly included lineages with their designation dates:
Newly included lineages, with designation date in parentheses
  • RV.2 (2026-06-09)
  • RV.2.1 (2026-06-09)
  • RC.12 (2026-06-09)
  • SZ.1 (2026-06-09)
  • XFG.5.1.8 (2026-06-10)
  • RW.1.1.1 (2026-06-16)
  • RW.1.1.2 (2026-06-16)
  • RW.1.1.3 (2026-06-16)
  • SZ.2 (2026-06-16)
  • SZ.3 (2026-06-16)
  • XFG.14.8.1 (2026-06-23)
  • TA.1 (2026-06-23)
  • TB.1 (2026-06-23)
  • RV.1.1.1 (2026-06-23)
  • TB.2 (2026-06-23)
  • XHA (2026-06-23)
  • XFN.3 (2026-06-24)
  • XFG.6.13.1 (2026-06-25)
  • XFG.6.13.2 (2026-06-25)
  • SV.4 (2026-06-25)
  • SV.4.1 (2026-06-25)
  • SV.3 (2026-06-25)
  • PQ.17.13 (2026-06-25)
  • TC.1 (2026-06-25)
  • SZ.4 (2026-06-29)
  • SZ.3.1 (2026-06-29)
  • XHB (2026-07-07)
  • XFZ.4 (2026-07-09)
  • SW.3 (2026-07-09)
  • SW.2.1 (2026-07-09)
  • XFG.6.15 (2026-07-09)
  • QF.7.2 (2026-07-09)
  • SV.1.2 (2026-07-15)
  • RF.6 (2026-07-20)
  • RF.5.4 (2026-07-20)
  • RE.4.1 (2026-07-20)
  • RE.4.2 (2026-07-20)
  • RE.1.3 (2026-07-20)
  • RE.1.2.2 (2026-07-20)
  • RE.1.2.1 (2026-07-20)
  • RE.1.1.7 (2026-07-20)
  • RE.1.1.8 (2026-07-20)
  • SS.1.1 (2026-07-20)
  • RE.1.1.9 (2026-07-20)
  • RE.2.4.1 (2026-07-20)
  • PQ.2.5.7 (2026-07-20)
  • TD.1 (2026-07-20)
  • PJ.2 (2026-07-20)
  • PJ.2.1 (2026-07-20)
  • XHC (2026-08-03)
  • SV.4.2 (2026-08-03)
  • SV.4.3 (2026-08-03)
  • SV.1.2.1 (2026-08-03)
  • SV.2.2 (2026-08-03)
  • RF.5.3.1 (2026-08-03)
  • QF.2.6.1 (2026-08-03)
  • TE.1 (2026-08-03)
  • XFZ.4.1 (2026-08-03)
  • PQ.2.4.5 (2026-08-03)
  • TF.1 (2026-08-03)
  • XFG.1.1.8 (2026-08-03)
  • RC.13 (2026-08-03)
  • XFZ.5 (2026-08-17)
  • XFZ.5.1 (2026-08-17)
  • RV.2.1.1 (2026-08-17)
  • RV.1.5 (2026-08-17)
  • XFG.2.5.2 (2026-08-17)
  • RK.1.4 (2026-08-17)
  • RK.1.5 (2026-08-17)
  • RK.1.2.1 (2026-08-17)
  • SV.2.3 (2026-08-17)
  • SV.2.4 (2026-08-17)
  • SV.1.3 (2026-08-17)
  • SV.1.4 (2026-08-17)
  • SV.5 (2026-08-17)
  • RF.5.4.1 (2026-08-17)
  • RF.5.4.2 (2026-08-17)
  • XFZ.6 (2026-08-17)
  • SV.2.5 (2026-08-17)
  • SV.2.6 (2026-08-17)
  • RF.5.3.2 (2026-08-17)
  • TG.1 (2026-08-20)
  • TH.1 (2026-08-20)
  • SB.1.1.1 (2026-08-22)
  • XHD (2026-08-22)
  • XHE (2026-08-22)
  • SV.1.4.1 (2026-08-23)
  • TJ.1 (2026-08-25)
  • TJ.1.1 (2026-08-25)
  • RV.3 (2026-08-25)
  • TK.1 (2026-08-25)
  • RK.1.2.2 (2026-08-25)
  • RK.1.2.3 (2026-08-25)
  • RK.1.3.1 (2026-08-25)
  • RK.1.6 (2026-08-25)
  • SV.2.7 (2026-08-25)
  • SV.2.6.1 (2026-08-25)
  • SV.2.8 (2026-08-25)
  • SV.1.5 (2026-08-25)
  • SV.1.6 (2026-08-25)
  • XFZ.4.1.1 (2026-08-25)
  • XFZ.4.1.2 (2026-08-25)
  • XFG.1.1.9 (2026-08-27)
  • XFG.1.1.10 (2026-08-27)
  • XFG.1.1.11 (2026-08-27)
  • XFG.1.1.12 (2026-08-27)
  • XFG.1.1.13 (2026-08-27)
  • TL.1 (2026-08-27)
  • QY.2.1.2 (2026-08-27)
  • RP.2.1 (2026-08-27)
  • RC.1.1 (2026-08-27)
  • RC.1.2 (2026-08-27)
  • RC.1.3 (2026-08-27)
  • RC.1.4 (2026-08-27)

SARS-CoV-2 (Mature proteins) (nextstrain/sars-cov-2/wuhan-hu-1/proteins)

  • Include the 2 newly designated Nextstrain clades 26A (XFG.1.1) and 26B (XFG.3.4.1). See nextstrain/ncov#1204 and nextstrain/ncov#1206 for details.
  • Add all 114 Pango lineages newly designated between 2026-06-09 and 2026-09-06. Unfold below to see a list of all newly included lineages with their designation dates:
Newly included lineages, with designation date in parentheses
  • RV.2 (2026-06-09)
  • RV.2.1 (2026-06-09)
  • RC.12 (2026-06-09)
  • SZ.1 (2026-06-09)
  • XFG.5.1.8 (2026-06-10)
  • RW.1.1.1 (2026-06-16)
  • RW.1.1.2 (2026-06-16)
  • RW.1.1.3 (2026-06-16)
  • SZ.2 (2026-06-16)
  • SZ.3 (2026-06-16)
  • XFG.14.8.1 (2026-06-23)
  • TA.1 (2026-06-23)
  • TB.1 (2026-06-23)
  • RV.1.1.1 (2026-06-23)
  • TB.2 (2026-06-23)
  • XHA (2026-06-23)
  • XFN.3 (2026-06-24)
  • XFG.6.13.1 (2026-06-25)
  • XFG.6.13.2 (2026-06-25)
  • SV.4 (2026-06-25)
  • SV.4.1 (2026-06-25)
  • SV.3 (2026-06-25)
  • PQ.17.13 (2026-06-25)
  • TC.1 (2026-06-25)
  • SZ.4 (2026-06-29)
  • SZ.3.1 (2026-06-29)
  • XHB (2026-07-07)
  • XFZ.4 (2026-07-09)
  • SW.3 (2026-07-09)
  • SW.2.1 (2026-07-09)
  • XFG.6.15 (2026-07-09)
  • QF.7.2 (2026-07-09)
  • SV.1.2 (2026-07-15)
  • RF.6 (2026-07-20)
  • RF.5.4 (2026-07-20)
  • RE.4.1 (2026-07-20)
  • RE.4.2 (2026-07-20)
  • RE.1.3 (2026-07-20)
  • RE.1.2.2 (2026-07-20)
  • RE.1.2.1 (2026-07-20)
  • RE.1.1.7 (2026-07-20)
  • RE.1.1.8 (2026-07-20)
  • SS.1.1 (2026-07-20)
  • RE.1.1.9 (2026-07-20)
  • RE.2.4.1 (2026-07-20)
  • PQ.2.5.7 (2026-07-20)
  • TD.1 (2026-07-20)
  • PJ.2 (2026-07-20)
  • PJ.2.1 (2026-07-20)
  • XHC (2026-08-03)
  • SV.4.2 (2026-08-03)
  • SV.4.3 (2026-08-03)
  • SV.1.2.1 (2026-08-03)
  • SV.2.2 (2026-08-03)
  • RF.5.3.1 (2026-08-03)
  • QF.2.6.1 (2026-08-03)
  • TE.1 (2026-08-03)
  • XFZ.4.1 (2026-08-03)
  • PQ.2.4.5 (2026-08-03)
  • TF.1 (2026-08-03)
  • XFG.1.1.8 (2026-08-03)
  • RC.13 (2026-08-03)
  • XFZ.5 (2026-08-17)
  • XFZ.5.1 (2026-08-17)
  • RV.2.1.1 (2026-08-17)
  • RV.1.5 (2026-08-17)
  • XFG.2.5.2 (2026-08-17)
  • RK.1.4 (2026-08-17)
  • RK.1.5 (2026-08-17)
  • RK.1.2.1 (2026-08-17)
  • SV.2.3 (2026-08-17)
  • SV.2.4 (2026-08-17)
  • SV.1.3 (2026-08-17)
  • SV.1.4 (2026-08-17)
  • SV.5 (2026-08-17)
  • RF.5.4.1 (2026-08-17)
  • RF.5.4.2 (2026-08-17)
  • XFZ.6 (2026-08-17)
  • SV.2.5 (2026-08-17)
  • SV.2.6 (2026-08-17)
  • RF.5.3.2 (2026-08-17)
  • TG.1 (2026-08-20)
  • TH.1 (2026-08-20)
  • SB.1.1.1 (2026-08-22)
  • XHD (2026-08-22)
  • XHE (2026-08-22)
  • SV.1.4.1 (2026-08-23)
  • TJ.1 (2026-08-25)
  • TJ.1.1 (2026-08-25)
  • RV.3 (2026-08-25)
  • TK.1 (2026-08-25)
  • RK.1.2.2 (2026-08-25)
  • RK.1.2.3 (2026-08-25)
  • RK.1.3.1 (2026-08-25)
  • RK.1.6 (2026-08-25)
  • SV.2.7 (2026-08-25)
  • SV.2.6.1 (2026-08-25)
  • SV.2.8 (2026-08-25)
  • SV.1.5 (2026-08-25)
  • SV.1.6 (2026-08-25)
  • XFZ.4.1.1 (2026-08-25)
  • XFZ.4.1.2 (2026-08-25)
  • XFG.1.1.9 (2026-08-27)
  • XFG.1.1.10 (2026-08-27)
  • XFG.1.1.11 (2026-08-27)
  • XFG.1.1.12 (2026-08-27)
  • XFG.1.1.13 (2026-08-27)
  • TL.1 (2026-08-27)
  • QY.2.1.2 (2026-08-27)
  • RP.2.1 (2026-08-27)
  • RC.1.1 (2026-08-27)
  • RC.1.2 (2026-08-27)
  • RC.1.3 (2026-08-27)
  • RC.1.4 (2026-08-27)

SARS-CoV-2 (BA.2.86) (nextstrain/sars-cov-2/BA.2.86)

  • Include the 2 newly designated Nextstrain clades 26A (XFG.1.1) and 26B (XFG.3.4.1). See nextstrain/ncov#1204 and nextstrain/ncov#1206 for details.
  • Add all 114 Pango lineages newly designated between 2026-06-09 and 2026-09-06. Unfold below to see a list of all newly included lineages with their designation dates:
Newly included lineages, with designation date in parentheses
  • RV.2 (2026-06-09)
  • RV.2.1 (2026-06-09)
  • RC.12 (2026-06-09)
  • SZ.1 (2026-06-09)
  • XFG.5.1.8 (2026-06-10)
  • RW.1.1.1 (2026-06-16)
  • RW.1.1.2 (2026-06-16)
  • RW.1.1.3 (2026-06-16)
  • SZ.2 (2026-06-16)
  • SZ.3 (2026-06-16)
  • XFG.14.8.1 (2026-06-23)
  • TA.1 (2026-06-23)
  • TB.1 (2026-06-23)
  • RV.1.1.1 (2026-06-23)
  • TB.2 (2026-06-23)
  • XHA (2026-06-23)
  • XFN.3 (2026-06-24)
  • XFG.6.13.1 (2026-06-25)
  • XFG.6.13.2 (2026-06-25)
  • SV.4 (2026-06-25)
  • SV.4.1 (2026-06-25)
  • SV.3 (2026-06-25)
  • PQ.17.13 (2026-06-25)
  • TC.1 (2026-06-25)
  • SZ.4 (2026-06-29)
  • SZ.3.1 (2026-06-29)
  • XHB (2026-07-07)
  • XFZ.4 (2026-07-09)
  • SW.3 (2026-07-09)
  • SW.2.1 (2026-07-09)
  • XFG.6.15 (2026-07-09)
  • QF.7.2 (2026-07-09)
  • SV.1.2 (2026-07-15)
  • RF.6 (2026-07-20)
  • RF.5.4 (2026-07-20)
  • RE.4.1 (2026-07-20)
  • RE.4.2 (2026-07-20)
  • RE.1.3 (2026-07-20)
  • RE.1.2.2 (2026-07-20)
  • RE.1.2.1 (2026-07-20)
  • RE.1.1.7 (2026-07-20)
  • RE.1.1.8 (2026-07-20)
  • SS.1.1 (2026-07-20)
  • RE.1.1.9 (2026-07-20)
  • RE.2.4.1 (2026-07-20)
  • PQ.2.5.7 (2026-07-20)
  • TD.1 (2026-07-20)
  • PJ.2 (2026-07-20)
  • PJ.2.1 (2026-07-20)
  • XHC (2026-08-03)
  • SV.4.2 (2026-08-03)
  • SV.4.3 (2026-08-03)
  • SV.1.2.1 (2026-08-03)
  • SV.2.2 (2026-08-03)
  • RF.5.3.1 (2026-08-03)
  • QF.2.6.1 (2026-08-03)
  • TE.1 (2026-08-03)
  • XFZ.4.1 (2026-08-03)
  • PQ.2.4.5 (2026-08-03)
  • TF.1 (2026-08-03)
  • XFG.1.1.8 (2026-08-03)
  • RC.13 (2026-08-03)
  • XFZ.5 (2026-08-17)
  • XFZ.5.1 (2026-08-17)
  • RV.2.1.1 (2026-08-17)
  • RV.1.5 (2026-08-17)
  • XFG.2.5.2 (2026-08-17)
  • RK.1.4 (2026-08-17)
  • RK.1.5 (2026-08-17)
  • RK.1.2.1 (2026-08-17)
  • SV.2.3 (2026-08-17)
  • SV.2.4 (2026-08-17)
  • SV.1.3 (2026-08-17)
  • SV.1.4 (2026-08-17)
  • SV.5 (2026-08-17)
  • RF.5.4.1 (2026-08-17)
  • RF.5.4.2 (2026-08-17)
  • XFZ.6 (2026-08-17)
  • SV.2.5 (2026-08-17)
  • SV.2.6 (2026-08-17)
  • RF.5.3.2 (2026-08-17)
  • TG.1 (2026-08-20)
  • TH.1 (2026-08-20)
  • SB.1.1.1 (2026-08-22)
  • XHD (2026-08-22)
  • XHE (2026-08-22)
  • SV.1.4.1 (2026-08-23)
  • TJ.1 (2026-08-25)
  • TJ.1.1 (2026-08-25)
  • RV.3 (2026-08-25)
  • TK.1 (2026-08-25)
  • RK.1.2.2 (2026-08-25)
  • RK.1.2.3 (2026-08-25)
  • RK.1.3.1 (2026-08-25)
  • RK.1.6 (2026-08-25)
  • SV.2.7 (2026-08-25)
  • SV.2.6.1 (2026-08-25)
  • SV.2.8 (2026-08-25)
  • SV.1.5 (2026-08-25)
  • SV.1.6 (2026-08-25)
  • XFZ.4.1.1 (2026-08-25)
  • XFZ.4.1.2 (2026-08-25)
  • XFG.1.1.9 (2026-08-27)
  • XFG.1.1.10 (2026-08-27)
  • XFG.1.1.11 (2026-08-27)
  • XFG.1.1.12 (2026-08-27)
  • XFG.1.1.13 (2026-08-27)
  • TL.1 (2026-08-27)
  • QY.2.1.2 (2026-08-27)
  • RP.2.1 (2026-08-27)
  • RC.1.1 (2026-08-27)
  • RC.1.2 (2026-08-27)
  • RC.1.3 (2026-08-27)
  • RC.1.4 (2026-08-27)
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