github nextstrain/nextclade_data 2024-09-25--21-50-30Z
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This release contains changes for datasets:

  • SARS-CoV-2 (nextstrain/sars-cov-2/wuhan-hu-1/orfs)
  • SARS-CoV-2 (Mature proteins) (nextstrain/sars-cov-2/wuhan-hu-1/proteins)
  • SARS-CoV-2 (BA.2) (nextstrain/sars-cov-2/BA.2)
  • SARS-CoV-2 (XBB) (nextstrain/sars-cov-2/XBB)
  • SARS-CoV-2 (BA.2.86) (nextstrain/sars-cov-2/BA.2.86)

SARS-CoV-2 (nextstrain/sars-cov-2/wuhan-hu-1/orfs)

  • Include newly designated Nextstrain clades 24D (XDV.1) and 24E (KP.3.1.1)
  • All 113 Pango lineages designated between 2024-07-15 and 2024-09-25 are now included, unfold below to see a list of all newly included lineages with their designation dates
Newly included lineages, with designation date in parentheses
  • XEC (2024-08-07)
  • KP.2.3.5 (2024-08-07)
  • KP.2.3.6 (2024-08-07)
  • LP.4 (2024-08-07)
  • LP.1.2 (2024-08-07)
  • LB.1.2.2 (2024-08-07)
  • LB.1.2.3 (2024-08-07)
  • KP.2.18 (2024-08-07)
  • KP.2.14.1 (2024-08-07)
  • MC.2 (2024-08-08)
  • MC.2.1 (2024-08-08)
  • KR.1.3 (2024-08-08)
  • MP.1 (2024-08-08)
  • MP.1.1 (2024-08-08)
  • JQ.2.1.2 (2024-08-08)
  • MC.4 (2024-08-08)
  • MC.3 (2024-08-08)
  • LB.1.3.3 (2024-08-08)
  • KP.2.15.1 (2024-08-08)
  • KP.3.1.7 (2024-08-08)
  • MQ.1 (2024-08-08)
  • MQ.2 (2024-08-08)
  • KP.3.3.4 (2024-08-08)
  • MR.1 (2024-08-08)
  • MK.3 (2024-08-08)
  • XED (2024-08-08)
  • LZ.2 (2024-08-12)
  • XEC.1 (2024-08-14)
  • MS.1 (2024-08-15)
  • KU.2.1 (2024-08-15)
  • KU.2.2 (2024-08-15)
  • MA.1.1 (2024-08-15)
  • MA.1.1.1 (2024-08-15)
  • JN.1.18.8 (2024-08-15)
  • JN.1.59.1 (2024-08-15)
  • JN.1.16.4 (2024-08-15)
  • LU.2.1 (2024-08-15)
  • LU.2.1.1 (2024-08-15)
  • MT.1 (2024-08-15)
  • KP.2.19 (2024-08-15)
  • LF.6 (2024-08-15)
  • LR.3 (2024-08-15)
  • XDV.1.1 (2024-08-15)
  • XDV.1.2 (2024-08-15)
  • XDV.1.2.1 (2024-08-15)
  • XDV.1.3 (2024-08-15)
  • XDV.1.4 (2024-08-15)
  • XDV.1.5 (2024-08-15)
  • XDV.1.6 (2024-08-15)
  • LF.7 (2024-08-15)
  • MU.1 (2024-08-15)
  • JN.1.4.9 (2024-08-15)
  • JN.1.38.1 (2024-08-15)
  • MC.5 (2024-08-15)
  • MC.6 (2024-08-15)
  • MC.7 (2024-08-15)
  • MC.8 (2024-08-15)
  • MC.8.1 (2024-08-15)
  • MC.9 (2024-08-15)
  • MC.10 (2024-08-15)
  • MC.11 (2024-08-15)
  • MC.11.1 (2024-08-15)
  • MC.12 (2024-08-15)
  • MC.13 (2024-08-15)
  • MC.13.1 (2024-08-15)
  • MC.14 (2024-08-15)
  • MC.15 (2024-08-15)
  • MC.16 (2024-08-15)
  • MB.1.1.1 (2024-08-15)
  • MV.1 (2024-08-15)
  • KP.2.20 (2024-08-15)
  • KP.2.20.1 (2024-08-15)
  • JN.1.67 (2024-08-15)
  • JN.1.67.1 (2024-08-15)
  • XEF (2024-08-15)
  • KP.2.22 (2024-08-16)
  • KP.2.24 (2024-08-16)
  • KP.2.25 (2024-08-16)
  • KP.2.26 (2024-08-16)
  • KR.4.1 (2024-08-16)
  • KP.6 (2024-08-16)
  • XEG (2024-08-16)
  • KP.2.3.7 (2024-08-16)
  • MW.1 (2024-08-16)
  • KP.2.23 (2024-08-16)
  • JN.1.68 (2024-08-16)
  • LF.8 (2024-08-16)
  • LF.8.1 (2024-08-16)
  • LF.8.1.1 (2024-08-16)
  • XEE (2024-08-16)
  • MC.17 (2024-08-16)
  • JN.1.16.5 (2024-08-16)
  • LW.1.1 (2024-08-16)
  • LW.1.2 (2024-08-16)
  • KP.3.6 (2024-08-16)
  • LB.1.9 (2024-08-16)
  • KP.3.1.8 (2024-08-16)
  • MY.1 (2024-08-16)
  • XDV.1.7 (2024-08-17)
  • XDV.1.8 (2024-08-17)
  • XDV.1.9 (2024-08-17)
  • XDR.1.1 (2024-08-17)
  • XDR.1.2 (2024-08-17)
  • XDV.1.10 (2024-08-17)
  • XDV.1.11 (2024-08-17)
  • LU.2.2 (2024-08-20)
  • LB.1.4.3 (2024-08-24)
  • LF.9 (2024-08-27)
  • LF.9.1 (2024-08-27)
  • XDV.1.7.1 (2024-09-05)
  • XDV.1.9.1 (2024-09-05)
  • LZ.2.1 (2024-09-05)
  • MZ.1 (2024-09-05)

SARS-CoV-2 (Mature proteins) (nextstrain/sars-cov-2/wuhan-hu-1/proteins)

  • Include newly designated Nextstrain clades 24D (XDV.1) and 24E (KP.3.1.1)
  • All 113 Pango lineages designated between 2024-07-15 and 2024-09-25 are now included, unfold below to see a list of all newly included lineages with their designation dates
Newly included lineages, with designation date in parentheses
  • XEC (2024-08-07)
  • KP.2.3.5 (2024-08-07)
  • KP.2.3.6 (2024-08-07)
  • LP.4 (2024-08-07)
  • LP.1.2 (2024-08-07)
  • LB.1.2.2 (2024-08-07)
  • LB.1.2.3 (2024-08-07)
  • KP.2.18 (2024-08-07)
  • KP.2.14.1 (2024-08-07)
  • MC.2 (2024-08-08)
  • MC.2.1 (2024-08-08)
  • KR.1.3 (2024-08-08)
  • MP.1 (2024-08-08)
  • MP.1.1 (2024-08-08)
  • JQ.2.1.2 (2024-08-08)
  • MC.4 (2024-08-08)
  • MC.3 (2024-08-08)
  • LB.1.3.3 (2024-08-08)
  • KP.2.15.1 (2024-08-08)
  • KP.3.1.7 (2024-08-08)
  • MQ.1 (2024-08-08)
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  • KP.3.3.4 (2024-08-08)
  • MR.1 (2024-08-08)
  • MK.3 (2024-08-08)
  • XED (2024-08-08)
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  • MA.1.1.1 (2024-08-15)
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  • LU.2.1.1 (2024-08-15)
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  • MC.8 (2024-08-15)
  • MC.8.1 (2024-08-15)
  • MC.9 (2024-08-15)
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  • MC.11.1 (2024-08-15)
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  • MC.13 (2024-08-15)
  • MC.13.1 (2024-08-15)
  • MC.14 (2024-08-15)
  • MC.15 (2024-08-15)
  • MC.16 (2024-08-15)
  • MB.1.1.1 (2024-08-15)
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  • KP.2.20.1 (2024-08-15)
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  • JN.1.67.1 (2024-08-15)
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  • XEG (2024-08-16)
  • KP.2.3.7 (2024-08-16)
  • MW.1 (2024-08-16)
  • KP.2.23 (2024-08-16)
  • JN.1.68 (2024-08-16)
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  • LF.8.1.1 (2024-08-16)
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  • LF.9.1 (2024-08-27)
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  • XDV.1.9.1 (2024-09-05)
  • LZ.2.1 (2024-09-05)
  • MZ.1 (2024-09-05)

SARS-CoV-2 (BA.2) (nextstrain/sars-cov-2/BA.2)

  • Include newly designated Nextstrain clades 24D (XDV.1) and 24E (KP.3.1.1)
  • All 113 Pango lineages designated between 2024-07-15 and 2024-09-25 are now included, unfold below to see a list of all newly included lineages with their designation dates
Newly included lineages, with designation date in parentheses
  • XEC (2024-08-07)
  • KP.2.3.5 (2024-08-07)
  • KP.2.3.6 (2024-08-07)
  • LP.4 (2024-08-07)
  • LP.1.2 (2024-08-07)
  • LB.1.2.2 (2024-08-07)
  • LB.1.2.3 (2024-08-07)
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  • KR.1.3 (2024-08-08)
  • MP.1 (2024-08-08)
  • MP.1.1 (2024-08-08)
  • JQ.2.1.2 (2024-08-08)
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  • KP.3.3.4 (2024-08-08)
  • MR.1 (2024-08-08)
  • MK.3 (2024-08-08)
  • XED (2024-08-08)
  • LZ.2 (2024-08-12)
  • XEC.1 (2024-08-14)
  • MS.1 (2024-08-15)
  • KU.2.1 (2024-08-15)
  • KU.2.2 (2024-08-15)
  • MA.1.1 (2024-08-15)
  • MA.1.1.1 (2024-08-15)
  • JN.1.18.8 (2024-08-15)
  • JN.1.59.1 (2024-08-15)
  • JN.1.16.4 (2024-08-15)
  • LU.2.1 (2024-08-15)
  • LU.2.1.1 (2024-08-15)
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  • MC.11.1 (2024-08-15)
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SARS-CoV-2 (XBB) (nextstrain/sars-cov-2/XBB)

  • Include newly designated Nextstrain clades 24D (XDV.1) and 24E (KP.3.1.1)
  • All 113 Pango lineages designated between 2024-07-15 and 2024-09-25 are now included, unfold below to see a list of all newly included lineages with their designation dates
Newly included lineages, with designation date in parentheses
  • XEC (2024-08-07)
  • KP.2.3.5 (2024-08-07)
  • KP.2.3.6 (2024-08-07)
  • LP.4 (2024-08-07)
  • LP.1.2 (2024-08-07)
  • LB.1.2.2 (2024-08-07)
  • LB.1.2.3 (2024-08-07)
  • KP.2.18 (2024-08-07)
  • KP.2.14.1 (2024-08-07)
  • MC.2 (2024-08-08)
  • MC.2.1 (2024-08-08)
  • KR.1.3 (2024-08-08)
  • MP.1 (2024-08-08)
  • MP.1.1 (2024-08-08)
  • JQ.2.1.2 (2024-08-08)
  • MC.4 (2024-08-08)
  • MC.3 (2024-08-08)
  • LB.1.3.3 (2024-08-08)
  • KP.2.15.1 (2024-08-08)
  • KP.3.1.7 (2024-08-08)
  • MQ.1 (2024-08-08)
  • MQ.2 (2024-08-08)
  • KP.3.3.4 (2024-08-08)
  • MR.1 (2024-08-08)
  • MK.3 (2024-08-08)
  • XED (2024-08-08)
  • LZ.2 (2024-08-12)
  • XEC.1 (2024-08-14)
  • MS.1 (2024-08-15)
  • KU.2.1 (2024-08-15)
  • KU.2.2 (2024-08-15)
  • MA.1.1 (2024-08-15)
  • MA.1.1.1 (2024-08-15)
  • JN.1.18.8 (2024-08-15)
  • JN.1.59.1 (2024-08-15)
  • JN.1.16.4 (2024-08-15)
  • LU.2.1 (2024-08-15)
  • LU.2.1.1 (2024-08-15)
  • MT.1 (2024-08-15)
  • KP.2.19 (2024-08-15)
  • LF.6 (2024-08-15)
  • LR.3 (2024-08-15)
  • XDV.1.1 (2024-08-15)
  • XDV.1.2 (2024-08-15)
  • XDV.1.2.1 (2024-08-15)
  • XDV.1.3 (2024-08-15)
  • XDV.1.4 (2024-08-15)
  • XDV.1.5 (2024-08-15)
  • XDV.1.6 (2024-08-15)
  • LF.7 (2024-08-15)
  • MU.1 (2024-08-15)
  • JN.1.4.9 (2024-08-15)
  • JN.1.38.1 (2024-08-15)
  • MC.5 (2024-08-15)
  • MC.6 (2024-08-15)
  • MC.7 (2024-08-15)
  • MC.8 (2024-08-15)
  • MC.8.1 (2024-08-15)
  • MC.9 (2024-08-15)
  • MC.10 (2024-08-15)
  • MC.11 (2024-08-15)
  • MC.11.1 (2024-08-15)
  • MC.12 (2024-08-15)
  • MC.13 (2024-08-15)
  • MC.13.1 (2024-08-15)
  • MC.14 (2024-08-15)
  • MC.15 (2024-08-15)
  • MC.16 (2024-08-15)
  • MB.1.1.1 (2024-08-15)
  • MV.1 (2024-08-15)
  • KP.2.20 (2024-08-15)
  • KP.2.20.1 (2024-08-15)
  • JN.1.67 (2024-08-15)
  • JN.1.67.1 (2024-08-15)
  • XEF (2024-08-15)
  • KP.2.22 (2024-08-16)
  • KP.2.24 (2024-08-16)
  • KP.2.25 (2024-08-16)
  • KP.2.26 (2024-08-16)
  • KR.4.1 (2024-08-16)
  • KP.6 (2024-08-16)
  • XEG (2024-08-16)
  • KP.2.3.7 (2024-08-16)
  • MW.1 (2024-08-16)
  • KP.2.23 (2024-08-16)
  • JN.1.68 (2024-08-16)
  • LF.8 (2024-08-16)
  • LF.8.1 (2024-08-16)
  • LF.8.1.1 (2024-08-16)
  • XEE (2024-08-16)
  • MC.17 (2024-08-16)
  • JN.1.16.5 (2024-08-16)
  • LW.1.1 (2024-08-16)
  • LW.1.2 (2024-08-16)
  • KP.3.6 (2024-08-16)
  • LB.1.9 (2024-08-16)
  • KP.3.1.8 (2024-08-16)
  • MY.1 (2024-08-16)
  • XDV.1.7 (2024-08-17)
  • XDV.1.8 (2024-08-17)
  • XDV.1.9 (2024-08-17)
  • XDR.1.1 (2024-08-17)
  • XDR.1.2 (2024-08-17)
  • XDV.1.10 (2024-08-17)
  • XDV.1.11 (2024-08-17)
  • LU.2.2 (2024-08-20)
  • LB.1.4.3 (2024-08-24)
  • LF.9 (2024-08-27)
  • LF.9.1 (2024-08-27)
  • XDV.1.7.1 (2024-09-05)
  • XDV.1.9.1 (2024-09-05)
  • LZ.2.1 (2024-09-05)
  • MZ.1 (2024-09-05)

SARS-CoV-2 (BA.2.86) (nextstrain/sars-cov-2/BA.2.86)

  • Include newly designated Nextstrain clades 24D (XDV.1) and 24E (KP.3.1.1)
  • All 113 Pango lineages designated between 2024-07-15 and 2024-09-25 are now included, unfold below to see a list of all newly included lineages with their designation dates
Newly included lineages, with designation date in parentheses
  • XEC (2024-08-07)
  • KP.2.3.5 (2024-08-07)
  • KP.2.3.6 (2024-08-07)
  • LP.4 (2024-08-07)
  • LP.1.2 (2024-08-07)
  • LB.1.2.2 (2024-08-07)
  • LB.1.2.3 (2024-08-07)
  • KP.2.18 (2024-08-07)
  • KP.2.14.1 (2024-08-07)
  • MC.2 (2024-08-08)
  • MC.2.1 (2024-08-08)
  • KR.1.3 (2024-08-08)
  • MP.1 (2024-08-08)
  • MP.1.1 (2024-08-08)
  • JQ.2.1.2 (2024-08-08)
  • MC.4 (2024-08-08)
  • MC.3 (2024-08-08)
  • LB.1.3.3 (2024-08-08)
  • KP.2.15.1 (2024-08-08)
  • KP.3.1.7 (2024-08-08)
  • MQ.1 (2024-08-08)
  • MQ.2 (2024-08-08)
  • KP.3.3.4 (2024-08-08)
  • MR.1 (2024-08-08)
  • MK.3 (2024-08-08)
  • XED (2024-08-08)
  • LZ.2 (2024-08-12)
  • XEC.1 (2024-08-14)
  • MS.1 (2024-08-15)
  • KU.2.1 (2024-08-15)
  • KU.2.2 (2024-08-15)
  • MA.1.1 (2024-08-15)
  • MA.1.1.1 (2024-08-15)
  • JN.1.18.8 (2024-08-15)
  • JN.1.59.1 (2024-08-15)
  • JN.1.16.4 (2024-08-15)
  • LU.2.1 (2024-08-15)
  • LU.2.1.1 (2024-08-15)
  • MT.1 (2024-08-15)
  • KP.2.19 (2024-08-15)
  • LF.6 (2024-08-15)
  • LR.3 (2024-08-15)
  • XDV.1.1 (2024-08-15)
  • XDV.1.2 (2024-08-15)
  • XDV.1.2.1 (2024-08-15)
  • XDV.1.3 (2024-08-15)
  • XDV.1.4 (2024-08-15)
  • XDV.1.5 (2024-08-15)
  • XDV.1.6 (2024-08-15)
  • LF.7 (2024-08-15)
  • MU.1 (2024-08-15)
  • JN.1.4.9 (2024-08-15)
  • JN.1.38.1 (2024-08-15)
  • MC.5 (2024-08-15)
  • MC.6 (2024-08-15)
  • MC.7 (2024-08-15)
  • MC.8 (2024-08-15)
  • MC.8.1 (2024-08-15)
  • MC.9 (2024-08-15)
  • MC.10 (2024-08-15)
  • MC.11 (2024-08-15)
  • MC.11.1 (2024-08-15)
  • MC.12 (2024-08-15)
  • MC.13 (2024-08-15)
  • MC.13.1 (2024-08-15)
  • MC.14 (2024-08-15)
  • MC.15 (2024-08-15)
  • MC.16 (2024-08-15)
  • MB.1.1.1 (2024-08-15)
  • MV.1 (2024-08-15)
  • KP.2.20 (2024-08-15)
  • KP.2.20.1 (2024-08-15)
  • JN.1.67 (2024-08-15)
  • JN.1.67.1 (2024-08-15)
  • XEF (2024-08-15)
  • KP.2.22 (2024-08-16)
  • KP.2.24 (2024-08-16)
  • KP.2.25 (2024-08-16)
  • KP.2.26 (2024-08-16)
  • KR.4.1 (2024-08-16)
  • KP.6 (2024-08-16)
  • XEG (2024-08-16)
  • KP.2.3.7 (2024-08-16)
  • MW.1 (2024-08-16)
  • KP.2.23 (2024-08-16)
  • JN.1.68 (2024-08-16)
  • LF.8 (2024-08-16)
  • LF.8.1 (2024-08-16)
  • LF.8.1.1 (2024-08-16)
  • XEE (2024-08-16)
  • MC.17 (2024-08-16)
  • JN.1.16.5 (2024-08-16)
  • LW.1.1 (2024-08-16)
  • LW.1.2 (2024-08-16)
  • KP.3.6 (2024-08-16)
  • LB.1.9 (2024-08-16)
  • KP.3.1.8 (2024-08-16)
  • MY.1 (2024-08-16)
  • XDV.1.7 (2024-08-17)
  • XDV.1.8 (2024-08-17)
  • XDV.1.9 (2024-08-17)
  • XDR.1.1 (2024-08-17)
  • XDR.1.2 (2024-08-17)
  • XDV.1.10 (2024-08-17)
  • XDV.1.11 (2024-08-17)
  • LU.2.2 (2024-08-20)
  • LB.1.4.3 (2024-08-24)
  • LF.9 (2024-08-27)
  • LF.9.1 (2024-08-27)
  • XDV.1.7.1 (2024-09-05)
  • XDV.1.9.1 (2024-09-05)
  • LZ.2.1 (2024-09-05)
  • MZ.1 (2024-09-05)
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